Từ khi thành lập, Viện CN Sinh học và CN Thực phẩm luôn chủ động và tích cực tham gia vào các chương trình nghiên cứu, chuyển giao công nghệ đóng góp vào sự nghiệp phát triển chung của ngành cũng như của xã hội. Viện đã và đang chủ trì nhiều đề tài dự án đồng thời cũng chú trọng chuyển giao công nghệ, nghiên cứu và phát triển sản phẩm mới và đào tạo nâng cao chất lượng cho các doanh nghiệp....

Các hướng nghiên cứu chính của Viện tập trung vào 02 trên 04 định hướng nghiên cứu ưu tiên của Đại học Bách khoa Hà Nội:

1/ Định hướng Khoa học và Công nghệ sức khoẻ:

- Phát triển công nghệ enzyme và công nghệ vi sinh vật tạo ra các hoạt chất sinh học nhằm tăng cường sức khỏe con người và phục vụ sản xuất: (i) Khai thác các hợp chất có hoạt tính sinh học và ứng dụng trong thực phẩm chức năng và dược phẩm; (ii) Nghiên cứu enzyme, enzyme tái tổ hợp và kỹ thuật enzyme ứng dụng trong công nghiệp thực phẩm và dược phẩm; (iii) Nghiên cứu và ứng dụng vi khuẩn probiotic, prebiotic trong thực phẩm và thức ăn chăn nuôi.

- Nghiên cứu và phát triển công nghệ tế bào, phân tích và chẩn đoán phân tử: (i) Nghiên cứu và phát triển công nghệ tế bào động vật và các sản phẩm từ tế bào động vật ứng dụng trong y học và dược phẩm; (ii) Phát triển kỹ thuật phân tích và chẩn đoán nhanh bệnh, tác nhân gây bệnh; (iii) Phát triển kỹ thuật phân tích nhanh độc tố, dư lượng thuốc trừ sâu.

- Nghiên cứu và ứng dụng công nghệ, thiết bị tiên tiến trong phân tích, bảo quản, chế biến sau thu hoạch nhằm nâng cao chất lượng và đảm bảo an toàn thực phẩm: Nghiên cứu và ứng dụng công nghệ, thiết bị tiên tiến trong phân tích, bảo quản và chế biến sau thu hoạch;

- Quản lý chất lượng và an toàn thực phẩm

2/ Định hướng Năng lượng và Môi trường bền vững:

- Phát triển thiết bị và công nghệ xử lý môi trường nước thải và bã thải hữu cơ bằng công nghệ vi sinh;

- Nghiên cứu sử dụng có hiệu quả phụ phẩm nông nghiệp, sau thu hoạch và công nghiệp thực phẩm, đảm bảo phát triển bền vững;

- Nghiên cứu công nghệ sản xuất nhiên liệu sinh học.

Cùng với xây dựng chiến lược nghiên cứu ưu tiên, các phòng thí nghiệm nghiên cứu tập trung cũng đã được quy hoạch để tập trung nguồn lực cơ sở vật chất và con người phục vụ cho sự phát triển của Đại học Bách khoa Hà Nội và của KHCN của Viện CNSH-CNTP.